Im Herzen der Bonner Innenstadt gelegen – zwischen Markt und Beethovenhaus – ist die Namen-Jesu-Kirche für viele Bonner Familien seit drei Jahrhunderten ein wichtiger Ort der Andacht, des Gedenkens und des Gottesdienstes. Für die Bonner war sie über Generationen als Jesuitenkirche bekannt.
Bis 1774 diente die Kirche der Gesellschaft Jesu (Orden der Jesuiten) und ihrem gegenüberliegenden Gymnasium als Schul- und Ordenskirche, aber schon 1793 nutzten französische Soldaten die Kirche als Pferdestall und Magazin. Sie ließen 1800 eine Ruine zurück und zwei Jahre später schloss die römisch-katholische Kirche mit Napoleon Bonaparte einen Vertrag, demzufolge sie auch die Namen-Jesu-Kirche dem (seinerzeit französischen) Staat abtrat. Auf Frankreich folgte später Preußen und schließlich das Bundesland Nordrhein-Westfalen, dem die Kirche bis heute gehört.
Seit 1877 wird die Kirche durchgängig als Gotteshaus genutzt. Sie war die erste Pfarrkirche der alt-katholischen Gemeinde, bis diese 1934 in ihre neu erbaute Kirche an der heutigen Adenauerallee (St. Cyprian) zog. Von 1934 bis 2009 nutze sie die römisch-katholische Kirche, zuletzt als Universitätskirche.
Seit 2009 sorgt die Stiftung Namen-Jesu-Kirche für den Unterhalt der Namen-Jesu-Kirche und öffnet sie als Citykirche für Menschen aus allen Konfessionen und Nationen. Als Stiftung bürgerlichen Rechts ist sie gemeinnützig, d.h. selbstlos tätig und verfolgt keine eigenwirtschaftlichen Zwecke. Die Stiftung stellt die Namen Jesu Kirche dem katholischen Bistum der Alt-Katholiken in Deutschland als Kathedral- und Bischofskirche zur Verfügung.
Das Katholische Bistum der Alt-Katholiken in Deutschland versteht sich als selbstständige katholische Kirche. Sie ist bischöflich-synodal verfasst, das bedeutet, dass an ihrer Spitze die Synode und der Bischof / die Bischöfin stehen. Alle Personen in den Leitungsgremien und den Dienstämtern werden gewählt. Es besteht kein Pflichtzölibat, seit 1996 sind auch Frauen zu allen Ämtern der Kirche zugelassen. Als nach den Beschlüssen des Ersten Vatikanischen Konzils (1869/70) katholische Christen ein überzeugtes „Nein“ zu den neuen päpstlichen Machtansprüchen zu sprechen bereit waren – es ging um die Unfehlbarkeit des Papstes in Glaubens- und Sittenfragen sowie um die päpstliche Alleinherrschaft über die Kirche -, verstanden sich die Frauen und Männer der ersten Stunde als „alt-katholisch“. Es ging ihnen dabei um ein evangeliumsgemäßes und kreatives „Ja“ zu einer katholischen Alternative, die sich in ökumenischer Verbundenheit mit den verschiedenen kirchlichen Traditionen um zeitgemäße Formen des christlichen Glaubens und des kirchlichen Lebens bemühen und zugleich die Eigenverantwortung des Einzelnen betonen sollte.
Außerdem ist die Alt-Katholische Kirche von Anfang an ökumenisch ausgerichtet und arbeitet mit den anderen Konfessionen zusammen. Sie ist Gründungsmitglied der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK). Die Alt-Katholische Kirche ist Mitgliedskirche der Utrechter Union der Alt-Katholischen Kirchen.
Inmitten der pulsierenden Bonner Innenstadt ist ein Friedhof der anderen Art entstanden. Hier finden die Verstorbenen ihre letzte Ruhestätte in der Krypta unterhalb des Altarraums, während in der Kirche darüber die Menschen zusammenkommen, um Gottesdienste zu feiern, Atem zu schöpfen, Konzerte zu hören oder schlicht diese wunderschöne barocke Kirche zu genießen. Diese Kirche ist gleichsam ein Ort für die Lebenden wie die Toten. Eine würdevolle Bestattung ist für alle Menschen – auch ohne offizielle Kirchenmitgliedschaft – möglich. In besonderer Weise wird die Namen-Jesu-Kirche durch die Grablege in der Krypta Bewahrerin der Namen all derer, die in ihren Mauern über den Tod hinaus geborgen und behütet sind und ein Ort der Begleitung für die Lebenden. Sie ist hierbei viel mehr als ein Friedhof.